«Яндекс.Почта» внедрил у себя функцию шифрования писем на этапе передачи их от одного почтового сервера к другому 

Шифрование осуществляется по протоколу SSL/TLS и работает как с входящими, так и исходящими сообщениями. Оно, однако, применяется лишь в случае, когда его поддерживают оба сервера: и отправителя, и получателя письма.