Почему отрок Иисус остался в храме? Услышав от Иисуса: «зачем было вам искать Меня? или вы не знали, что Мне должно быть в том, что принадлежит Отцу Моему?», - Дева Мария и Иосиф, думаю,  однозначно поняли о каком Отце говорит Иисус, т.к. тайной для Святой Семьи это не было. 
Так почему же «они не поняли сказанных Им слов»? Значит это непонимание относилось не к этой, а  к другой части вопроса...