AVRISP MkII для avrdude. После небольшого разбирательства, проблема была найдена в драйвере, установленном Atmel Studio. Для работы AVRISP MkII с avrdude и Arduino требуется драйвер libusb-win32. Для его установки нужна утилита Zadig, скачать её можно на официальном сайте 0.