Иван Шишкин родился 25 января (13 по ст. стилю) 1832 года в городе Елабуга Вятской губернии. Происходил из древней вятской фамилии Шишкиных, был сыном купца Ивана Васильевича Шишкина (1792—1872)[1].

В 12 лет был определён в ученики 1-й казанской гимназии, но, дойдя в ней до 5-го класса, оставил её и поступил в Московское училище живописи, ваяния и зодчества (1852—1856). Окончив курс этого заведения, с 1857 продолжал своё образование в Петербуржской Академии Художеств (1856—1865).