Однако его пребывание на Святой Горе оказалось недолгим. Грабительские набеги турок и политические интриги вынудили Афанасия и его духовного отца Григория покинуть Афон. Какое-то время они жили в Салониках, а потом, по совету сербского епископа Иакова, отправились в Фессалийский скит Стаги, который впоследствии стал известен всему миру под названием Метеора. Они обосновались на вершине скалы Стилос. Спустя некоторое время Афанасий, по благословению своего духовного отца