Для тех, кто пролистал эту статью и не захотел читать много букв, я подготовил краткие выводы. Итак:
Снизьте интенсивность тренировок. Забудьте также о большом весе, хотя бы на время.
Восстановительные комплексы. 
Добавьте в свою тренировочную программу растяжки и уделите особое внимание больным зонам.
Бегайте на носок. Забудьте о толстых подошвах и беге на пятку.
Импровизируйте. Ищите аналоги тех упражнений, на которых болят суставы. На каждую группу мышц есть десятки разных упражнений.